Entonces lo primero es detectar cuales son las tablas que estan en determinado collate:
SELECT * FROM
information_schema.COLUMNS WHERE TABLE_SCHEMA='nombreBD' AND NOT
CHARACTER_SET_NAME IS NULL AND COLLATION_NAME<>'latin1_general_cs';
lo que debemos de jugar es con nombreBD, y con latin1_general_cs, esto debemos de ver en que codificacion necesitamos que esten nuestras tablas.
Con la siguiente consulta podemos cambiar el collate de una tabla:
ALTER TABLE `tabla` CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs;
y con esta otra consulta cambiamos el collate de un atributo.
ALTER TABLE `tabla` MODIFY COLUMN `atributo` CHAR(1) CHARACTER SET latin1 COLLATE latin1_general_cs DEFAULT NULL;
En ambas consultas se debe de cambiar donde dice tabla y atributo, para los datos nuestro, y la codificación que nos interese (latin1_general_cs en el ejemplo)
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